Al doctorado se ingresa con el requisito de maestría. La duración mínima contemplada para cursar este programa es de seis semestres. El programa de doctorado constituye la denominada Fase de Investigación, del Posgrado Biotecnología, al establecer con precisión el objetivo de formación de investigadores. Representa la parte más flexible de esta propuesta curricular, en tanto el currículo es personalizado, atendiendo al área en que se inscriba el proyecto de investigación del doctorando.
La filosofía de este nivel de formación se distingue por formar a investigadores de alto nivel junto a investigadores que estén activos en el campo y con publicaciones regulares. Para lograr esto, cada doctorando tendrá un director de tesis o tutor principal, que será el responsable fundamental de la formación; asimismo, cada alumno tendrá un comité de tesis o comité tutoral cuya función será evaluar por lo menos cada semestre el avance de la investigación del doctorado.
La estructura del plan obedece, por tanto, a la instrumentación de un sistema tutoral, que consiste en la relación personalizada del estudiante y un investigador de la planta académica del doctorado, quien acompaña al estudiante en el desarrollo de su investigación doctoral. El tutor proporciona la asesoría académica continua a los estudiantes, evalúa los avances de investigación y sugiere los seminarios de especialización y actualización necesarios. Son funciones del tutor, además, colaborar en los seminarios temáticos ofrecidos por el doctorado, emitir los dictámenes respecto de los avances semestrales de la investigación que desarrollan los alumnos a su cargo
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